Ante la decisión del Metro de no operar el Metroplús, por considerar que este puede no ser autosostenible, el alcalde de Medellín, Alonso Salazar Jaramillo, le solicitó al gerente del Metro, Ramiro Márquez, reconsiderar su decisión.
La Alcaldía de Medellín, espera que el Metro, con su amplia experiencia y la calidad en el servicio, opere el sistema integrado de transporte, y que sean los transportadores locales quienes  operen las rutas de buses sin acudir a una licitación.

Durante un año y medio los esfuerzos se han concentrado en que el Metro de Medellín asuma la operación de Metroplús, es decir, que una sola empresa tenga el control del trasporte masivo y de mediana capacidad, con el fin de optimizar los recursos y buscar la eficiencia de los mismos. Fue así como el 7 de enero de 2009 el Metro firmó un convenio marco con Metroplús en el que manifestó su voluntad de  realizar la operación,  el recaudo y la administración de las estaciones.