Juan Diego Vélez Maya fue Secretario General de la Universidad EAFIT y fundador de la Escuela de Derecho de la misma institución educativa. También se desempeñó como Secretario General y asesor de Empresas Públicas de Medellín y como Presidente de la Asociación de Bananeros de Colombia –AUGURA-. Además se ha sido docente en la Universidad EAFIT, entre los años 1989 y 2003, en la Maestría de Administración, Especialización en Negocios Internacionales, Especialización en Gerencia Hospitalaria, en las asignaturas de "Manejo de Conflictos Colectivos de Trabajo" y "Teoría General de la Negociación".
Entre sus publicaciones está el Módulo para la Negociación de Conflictos de Trabajo de AUGURA, y la construcción del ALCA como instrumento de desarrollo económico, una publicación de la Universidad EAFIT.